Malharro fue, según sus pocos amigos y sus muchos enemigos, un hombre apasionado, un espíritu libre, de sinceridad alucinante, un hombre íntegro y un verdadero luchador, que no fue comprendido en su época. Romualdo Brughetti (escritor, hijo de Faustino) dice que si bien su padre expuso por primera vez pintura impresionista, el que luchó para difundir y defender el ideario estético del impresionismo en el país fue Martín Malharro.
A los 14 años se enfrentó a su padre debido a su vocación por el arte; y el rompimiento con su familia habría de ser total y absoluto; modificó su apellido y de Mailharro, pasó a utilizar para siempre el Malharro con que se dio a conocer. Partió entonces a Buenos Aires, y comenzó allí una vida que se caracterizaría, casi hasta el final de su existencia, por la soledad, la pobreza y la incomprensión.
Para vivir se dedicó a la ilustración de etiquetas para cigarrillos, membretes y tarjetas comerciales. Y otra tarea, que él mismo denominaba “trabajos forzados”, que era la ilustración de sucesos policiales que se publicaban diariamente en la prensa.
El Dr. José Ramos Mejía decide apoyarlo, lo invita a su estancia y, en medio de la pampa pinta al aire libre, estudia la naturaleza y realiza una serie de acuarelas. Pero Malharro, inquieto y luchador, seguía buscando su identidad artística y decide, en 1895, viajar a París, sin dinero y sin su familia… Su esposa María Luisa Laborit y sus dos hijos: María Amelia y Martín, lo seguirían un tiempo después. Años más tarde, recordaría que en París recibió una de las lecciones más profundas que un maestro puede dar, al punto de echar por el suelo los conceptos que le habían inculcado en los años de Academia; le dijo: “usted está lleno de prejuicios, dibuja muchas cosas que no ve y deja por hacer cosas que no deben pasarle desapercibidas ante el modelo. Ese tobillo, por ejemplo, se encuentra en las estatuas griegas, pero este sujeto no lo posee porque ni es estatua, ni es griego, ni es bello…”
París se encontraba en medio del apogeo del impresionismo. Malharro conoce y frecuenta a Pisarro, Sisley, Renoir y especialmente a Monet. Se incorporó al movimiento, adoptó sus técnicas, asimiló sus principios y aplicó sus innovaciones, aunque nunca fue un ortodoxo de la manera impresionista. En su obra disoció los colores cuando lo creyó necesario y, debido tal vez a su propia personalidad, la noche fue una presencia constante en sus obras, cargándolos de una cierta melancolía en la que los impresionistas franceses casi nunca incursionaron.
De regreso al país expone sus obras en Buenos Aires, dicta conferencias y escribe artículos en la prensa, a fin de explicar al público los principios impresionistas, pero los críticos y sus colegas no lo comprenden y lo critican duramente. Por el contrario un grupo de jóvenes artistas, entre los que se encontraban Ramón Silva, Walter de Navazio y el escultor Luis Falcini, lo visitan asiduamente en su taller de la calle Congreso, en Belgrano, en búsqueda de sus enseñanzas.
Escribió el crítico Atalaya: “Pródigo de sus energías, batallador, de una inquietud espiritual que era la sed de la sed, cada día transcurrido de su vida, era un paso adelante, la alegría de un nuevo descubrimiento…”