Nació en Rosario, provincia de Santa Fe, el 14 de mayo de 1905, hijo de padre italiano y madre argentina, fue el menor de tres hermanos. Este año se celebra el Centenario de su nacimiento.
A los 10 años de edad comenzó a recibir clases de dibujo en un taller de vitrales, donde trabajó como aprendiz. También estudió pintura en el Centro Catalá, con el maestro Eugenio Fornells, quien en 1920 organizó la primera exposición del precoz pintor de 14 años, en el Salón Witcomb de Rosario. Sus paisajes del campo santafesino y retratos al carbón cautivaron a la prensa local, quienes no dudaron en calificarlo como un niño prodigio.
En 1925, gracias a una beca otorgada por el Jockey Club de Rosario, viajó a Europa. Luego de una estadía de tres meses en Madrid, se instaló en París donde permanecerá cuatro años. Allí tomó contacto con otros artistas argentinos, con quienes formó el famoso “Grupo de París”, integrado por Spilimbergo, Forner, Bigatti y Basaldúa, entre otros. También frecuentó a Max Jacob, quien lo introdujo en la técnica del grabado, y a los surrealistas, que influyeron notablemente en sus obras y en su postura ideológica. El filósofo Henri Lefebvre, con quien mantendrá una larga amistad, lo vinculó con las tesis que establecen el compromiso del arte con las luchas revolucionarias de izquierda.
En 1930 regresó a la Argentina con su mujer Paule Cazenave y su hija Lily, instalándose en Rosario, donde se empleó en la Municipalidad. Continuó con sus exposiciones, que ahora tomaron un carácter surrealista y de vanguardia.
Tres años más tarde David Alfaro Siqueiros, co fundador del muralismo mexicano, visitó la Argentina y juntos realizaron, con Spilimbergo, Castagnino y Lázaro un mural en la casa del director del Diario Crítica. Pero este arte mural no tuvo cabida en nuestro país, entonces Berni llevó las denuncias sociales a la tela, efectuando obras de un carácter monumental, que dan comienzo al ciclo del Nuevo Realismo, trabajadores urbanos y rurales fueron los protagonistas de sus obras.
En 1936 se instaló en Buenos Aires, donde fue nombrado profesor de dibujo de la Escuela de Bellas Artes. En 1945 el Taller de Arte Mural, que integraba junto a Spilimbergo, Castagnino, Urruchúa y Colmeiro, decoró la cúpula de las Galerías Pacífico, en la avenida Córdoba y Florida, de la ciudad de Buenos Aires.
En 1950 se divorció de Paule y al año siguiente se casó con Nélida Gerino, quien le dará su segundo hijo José Antonio.
En la década del ’60 inició una serie de collages que tienen a Juanito Laguna y Ramona Montiel como protagonistas. A través de estos personajes inventados, Berni narró lo que sucedía en las villas miseria. Los personajes fueron llevados también a la técnica del grabado, con los cuales recibió el Gran Premio en la Bienal Internacional de Venecia, en 1962.
Berni incursionó también en la técnica de la tapicería, del fotomontaje y de las instalaciones, que arma con pinturas collage y elementos a su alrededor. Completan su vasta y polifacética obra, trabajos escenográficos para teatro e ilustraciones para libros, además de los artículos periodísticos y las conferencias sobre arte, hacen de Berni quizá el artista más completo del arte argentino.
A la edad de 76 años, falleció en Buenos Aires, el 13 de octubre de 1981.